Um schon vorhandene Projekte in PHP-Projekte, wie sie von den PDTs erstellt werden, zu konvertieren einfach das Projekt schließen, mit einem Texteditor das .project File öffnen und in den <natures> den vorhandenen Eintrag ersetzen bzw. als Neuen einfügen:

<nature>org.eclipse.php.core.PHPNature</nature>

..und tadaa: schon lassen sich Include Path, Debugging und Interpreter auch für ein schon vorhandenes Projekt einstellen.